Stephan Pollhammer studierte Orgel und Klavier an der Universität Mozarteum Salzburg bei Prof. Hannfried Lucke und Christoph Declara. Weitere Studien bei Prof. Dr. Martin Sander an der Hochschule für Musik und Theater München folgten.
Als Dozent ist er für Orgel-Literaturspiel an der Hochschule für Musik und Theater München sowie für Korrepetition und Werkstudium Oratorium am Leopold Mozart College der Universität Augsburg tätig.